La educación escolarizada en Colombia para los grupos étnicos, nace ligada a la iglesia católica mediante el Concordato de 1886, celebrado entre la Misión Católica y el Estado, a través del cual éste les entrega la administración y dirección de las escuelas públicas de primaria para varones.

Para 1928 la iglesia tiene la inspección de todos los establecimientos educativos de las intendencias y comisarías y en 1953 se afianza su labor educativa en tanto se ordena, «en adelante se llevará a cabo, dentro del espíritu y de acuerdo con la iglesia católica, apostólica y romana»( Bodnard: 1989).Se le concede a la iglesia la facultad de crear, trasladar escuelas y realizar nombramientos de docentes para primaria y secundaria. Durante todo este tiempo la educación se ha impartido en castellano y con los programas oficiales que se tenían para todo el país. Además se instruían con la concepción de la superioridad del «blanco» y sus costumbres, con la finalidad principal de «civilizarlos e integrarlos» a la «cultura nacional». La modalidad más generalizada en este propósito fueron los internados escolares, en los cuales se «formaban» los adolescentes hasta por 5 años. En muchos casos los jóvenes de las comunidades eran obligados a ir por medios violentos. Esta institución tuvo permanente rechazo de los indígenas, lo que llevó a muchos a escaparse de esta situación de aculturación forzosa. Sin embargo también hay otros que opinan que era la forma más adecuada para aprender el castellano y enriquecer las culturas.
Para 1962 el Estado, con la intención de reducir la hegemonía de la iglesia católica en las comunidades indígenas, realiza un nuevo convenio con el Instituto Lingüístico de Verano, entidad norteamericana que se encargaría de estudiar las lenguas aborígenes. Esta institución de carácter igualmente religioso, desarrolla acciones más de proselitismo y aculturación, afectando las formas de vida, las creencias, tergiversando los idiomas, interesándose más por los recursos naturales de las regiones. A 1999 quedan muchas comunidades influidas por estos credos religiosos y la iglesia católica mantiene la administración de la educación en zonas como la Amazonia, Vaupés, Llanos, Tierradentro, bajo la modalidad de educación contratada.
Desde otro ámbito, los pueblos indígenas venían revitalizando sus procesos de resistencia, revalidando sus condiciones socioculturales y asumiendo de manera organizada la solución a sus problemas.
En la década del 70, como respuesta a la problemática cultural y educativa, algunas comunidades asumen una posición crítica frente al papel que juega la escuela en la desintegración de sus culturas. Conscientes, además, de la función que podía desarrollar ella misma, si se revierte su orientación, se crean programas y proyectos para la investigación y conformación de un modelo educativo que corresponda a sus necesidades y proyecto de vida.
Entre las experiencias más significativas están las de los Arhuacos en la Sierra Nevada, el programa de Educación Bilingüe del CRIC en el Cauca, el UNUMA en el Meta y Vichada, la OREWA en el Chocó, el CRIVA en el Vaupés, los Wayú en la Guajira, entre otras. Estas experiencias y la acción política del Estado concertada a partir de propuestas concretas, han permitido que en la actualidad, la Legislación contemple la Etnoeducación como la modalidad a desarrollar en las Comunidades Étnicas.
En forma casi simultánea, las comunidades afrocolombianas venían reflexionado sobre la posibilidad de un tipo de educación que respetara los valores culturales de las comunidades y aunque de manera dispersa y poco reconocida, venían desarrollando algunas experiencias entre ellas las de Villa Paz (Valle) Palenque (Bolívar) La Playa (Nariño) y San Andrés Islas.
En síntesis, el proceso etnoeducativo en Colombia se ha dado de diversas maneras, pero respondiendo a una problemática cultural y educativa común, frente a la cual las comunidades y sus respectivas organizaciones vienen redefiniendola y posicionando a la educación propia o etnoducación, como una estrategia importante y útil en el proyecto de reestructuración y desarrollo de los pueblos, defensa de sus territorios y pervivencia de sus identidades ancestrales.
Principios de la etnoeducación
«La educación para los grupos étnicos hace parte del servicio público educativo y se sustenta en un compromiso de elaboración colectiva, donde los distintos miembros de la comunidad en general, intercambian saberes, vivencias, con miras a mantener, recrear y desarrollar un proyecto global de acuerdo con su cultura, su lengua, sus tradiciones y los fueros propios y autóctonos» (Ley 115 de 1994. Capítulo I, Artículo 1º). Son principios de la etnoeducación:
* «Integralidad», entendida como la concepción global que cada pueblo posee y que posibilita una relación armónica y recíproca entre los hombres, su realidad social y la naturaleza;
* Diversidad Lingüística, entendida como las formas de ver, concebir y construir el mundo que tienen los grupos étnicos, expresados a través de las lenguas que hacen parte de la realidad nacional e igualdad de condiciones;
* Autonomía, entendida como el derecho de los grupos étnicos para desarrollar sus procesos etnoeducativos;
* Participación comunitaria, entendida como la capacidad de los grupos étnicos para orientar, desarrollar y evaluar los procesos etnoeducativos, ejerciendo su autonomía;
* Interculturalidad, entendida como la capacidad de conocer la cultura propia y otras culturas que interactúan y se enriquecen de manera dinámica y recíproca, contribuyendo a plasmar en la realidad social, una coexistencia, en igualdad de condiciones y respeto mutuo;
* Flexibilidad, entendida como la construcción permanente de los procesos etnoeducativos, acordes con los valores culturales, necesidades y particularidades de los grupos étnicos.
* Progresividad, entendida como la dinámica de los procesos etnoeducativos generada por la investigación, que articulados coherentemente se consolidan y contribuyen al desarrollo del conocimiento, y
* Solidaridad, entendida como la cohesión del grupo alrededor de sus vivencias que le permite fortalecerse y mantener su existencia, en relación con los demás grupos sociales» Artículo 2º).